Desa Huntu Utara merupakan beberapa Desa yang tertua dalam sejarah perkembangan Kampung yang berada di Propinsi Gorontalo yang mana Desa ini di kenal dengan nama Kampung WUNTHU ( JUNJUNG ) yang berarti Tempat untuk memecahkan Adat Istiadat yang di junjung tinggi oleh seluruh Masyarakat.
Mengingat peran fungsi kampung wunthu tersebut sehingga menjadi pusat perhatian para Raja – raja seperti raja Suwawa, Gorontalo dan Limboto dan para raja – raja tersebut berkeinginan memindahkan pusat kerajaannya di kampung wunthu mengingat Kampung Wunthu di nobatkan menjadi kedudukan LEBI DAA / Kepala Adat yang berfungsi sebagai Raja OLONGIA LOLILINGO atau Kepala Adat.
Hal ini berlaku dengan datangnya Kolompok Suku dari Selatan ( Makasar ) yang di pimpin oleh seorang Putra RAWE AHE dari Gowa ( Bone ) yang sempat menetap dan memerintah di Kampung Wunthu Istilah LEBI DAA diganti dengan nama BATE – BATE dalam Bahasa Makasar ( Bone ) Artinya Orang Tegas dan Bijaksana.
Pada masa Pemerintahan Hindia Belanda serta mendapat dukungan semua Bate, Pemangku Adat dan Masyarakat di angkat SULTAN BOTUTIHE menjadi Seorang Kepala Adat atau OLONGIA LOLILINGO yang kekuasanya meliputi seluruh wilaya BOLANGO dan mendapat Gelar SULTAN, sejak Sultan Botutihe memerintah Kampung Wunthu di ubah namanya menjadi Kampung HUNTO yang berasal dari kata HUNTONGA LO ADATI artinya tempat Adat / peraturan yang sudah tersusun.
Pada Tahun 1986 Desa Huntu merupakan bagian Desa – desa di wilayah kecamatan Tapa Kabupaten Gorontalo Propinsi Sulawesi Utara yang wilayahnya meliputi ( Desa Huntu Utara, Desa Mekar Jaya , Desa Huntu Selatan dan Desa Lamahu Sekarang ) di mekarkan menjadi dua Desa Yakin Desa Huntu Utara dan Desa Huntu Selatan.
Kemudian Seiring dengan terbentuknya Propinsi Gorontalo dan Kabupaten Bone Bolango berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Bone Bolango Nomor 19 Tahun 2007 Desa Huntu Utara yang merupakan bagian Desa – Desa di wilayah kecamatan Bulango Selatan kabupaten Bone Bolango di mekarkan menjadi Dua desa yakni Desa Huntu Utara dengan Desa Mekar jaya ( sekarang Desa Huntu Barat).